Pada tahun 1951, sekitar 12.500 warga Maluku dibawa dari pulau Jawa ke Belanda. Mereka sebagian besar merupakan prajurit yang telah bertugas sebagai tentara kolonial Belanda atau KNIL (Koninklijk Nederlands-Indische Leger), dan anggota keluarganya. Setelah penyerahan kedaulatan dan pembubaran KNIL, pihak Indonesia, Belanda dan tentara Maluku tidak dapat mencapai kesepakatan mengenai demobilisasi mereka. Akhirnya, diputuskan untuk memindahkan tentara Maluku sementara ke Belanda.

Dari sekitar 12.500 warga Maluku tersebut terdapat 14 keluarga yang berdomisili di kota Maastricht dan Apeldoorn, Belanda. Kemudian ke-14 keluarga ini bersepakat kembali ke Negara Kesatuan Republik Indonesia.

Maka pada tanggal 2 Maret 1969, keluarga ini berangkat menuju Indonesia dan tiba di Jakarta pada tanggal 3 Maret 1969. Pada saat itu oleh Departemen Sosial mereka diberikan fasilitas tempat tinggal sementara di Wisma Tanah Air, Cawang, Jakarta Timur untuk dilakukan proses penataran serta pendataan (screening). Selanjutnya pada tanggal 6 Maret 1969 mereka diberikan tempat tinggal tetap di desa Petukangan. Sesuai dengan Surat Dep.Sos RI Dir.Bentjana Alam & Dana bantuan social Nomor:536/Um/BA/71;tanggal 21 Desember 1971 dan diperkuat dengan surat keterangan dari Dep-Sos. Direktur Djendral Bantuan Sosial No.234/Um/DBS/77;tanggal 14 Januari 1977.

Ke-14 Keluarga yang Kembali dari Belanda tersebut sudah bertekad bulat untuk memperbaharui kehidupan di Tanah Air, mereka mempunyai keyakinan kokoh bahwa Tuhan Yesus Kristus melalui karya roh kudus pasti melindungi, menyertai, dan memberkati kehidupan mereka yang baru di tanah air sendiri. Oleh sebab itu sebagai ungkap rasa syukur kepada Tuhan yang maha pengasih, atas berkat anugerah yang telah mereka alami, dari rencana, persiapan , keberangkatan, bahkan perjalanan mereka dari belanda sampai dengan selamat di tanah air, maka pada hari minggu 9 maret 1969, mereka bersepakat untuk menyelenggarakan ibadah pengucapan syukur dengan menggunakan salah satu rumah yang kosong yakni di Jl. Durian no.15 yang pada selanjutnya rumah tersebut menjadi tempat peribadahan selanjutnya bagi kelompok kecil yang dikenal dengan nama repatrian pada setiap hari minggu.

Seiring dengan berjalannya waktu peribadahan dirumah jalan durian no.15 ini semakin teratur dan warga yang hadir setiap minggu semakin bertambah. Kegiatan peribadahan yang meningkat secara kuantitas pada akhirnya mendapat perhatian dari Majelis GPIB Jemaat Effatha di kebayoran baru, dimana kegiatan-kegiatan tersebut sejalan dengan “Program Gereja Misioner”, dimana sejak tahun 1965-1979, memperluas wilayah pelayanan terutama di daerah Jakarta Selatan. Daerah petukangan dimasukan kedalam wilayah pelayanan sektor VI GPIB Jemaat Effatha yang meliputi wilayah rempoa, bintaro, pesangrahan, petukangan, cipulir, ciledug, cidodol, kebayoran lama, pondok pinang, pasar jumat dan ciputat.

Seiring berjalannya waktu, yang beribadah di Jl. Durian no.15 semakin bertambah dengan penduduk sekitar diluar Kompleks mereka sepakat untuk merenovasi rumah ibadah dari rumah batu setengah papan dengan lantai plester semen guna memotivasi untuk menjaga persatuan dalam persekutuan diantara Warga Jemaat maka mereka sepakat Gedung gereja ini dinamakan dengan Gedung Gereja Sejahtera hal ini dilakukan dengan harapan agar jemaat yang beribadah ditempat ini selalu DAMAI dan SEJAHTERA. Akhirnya pemakaian Gedung gereja ini dimulai pada tanggal 9 maret 1982 dengan status gereja saat itu adalah sebagai pos pelayanan dari jemaat sektor VI GPIB Effatha yang kemudian berubah menjadi bagian jemaat IX SEJAHTERA.

Dengan semakin bertambahnya umat yang beribadah maka pelayanan pun perlu ditingkatkan. Pada tanggal 17 November 1985 diresmikanlah bagian IX GPIB Jemaat Effatha menjadi GPIB Jemaat Sejahtera berdasarkan pada surat keputusan majelis sinode No.1571/85/MS.XIII/Kpts. Tanggal 15 November 1985. Peresmian tersebut diselenggarakan dalam ibadah umum jemaat pada Jam 09.00 WIB oleh Pdt. G. J. Siahanenia S.Th. selaku sekretaris umum majelis sinode. Jumlah warga jemaat pada waktu dilembagakan adalah sebanyak 252 Keluarga.

Wilayah pelayanan GPIB Jemaat Sejahtera terdiri dari 5 sektor pelayanan. Dilingkungan sektor pelayanan, majelis jemaat melaksanakan, merencanakan, dan mengawasi pelayanan di sektor masing-masing sektor pelayanan dikoordinir oleh Koordinator Sektor atau Wakil Koordinator yang ditetapkan melalui surat keputusan majelis jemaat.